このように、酸化発酵は、この酢酸菌に特徴的な生理機能を提供する進化的に新たなシステムと考えられるようになってきました。 私たちは、このような酢酸菌の「発酵生理学」研究をすすめるとともに、酢酸菌とその酸化発酵を利用した応用研究もすすめています。それらは、酢酸発酵の耐熱化（別課題）、5-ケトグルコン酸発酵の高効率化、デヒドロシキミ酸発酵を利用したシキミ酸生産系の開発、酢酸発酵に関連して生成される菌膜多糖の有効利用、キノプロテインのバイオセンサとしての利用などです。
⇒最新の取り組み

　上述した酢酸菌の「酸化発酵」の中でも、最も特徴的な反応が「酢酸発酵」です。 この酢酸発酵は細胞膜にあるアルコール酸化系呼吸鎖によるエタノールから酢酸への酸化反応に基づいています。 この反応を利用した食酢醸造は、世界各国で古くから営々と営まれてきた重要な発酵産業ですが、古来から樽や瓶の中で培地表面に薄い菌膜をつくらせる静置培養法で行なわれてきました。 今日ではタンクを用いた通気攪拌培養も行われようになってきましたが、静地培養による食酢醸造はいまでも引き続き行なわれています。 しかしながら、この酢酸発酵は、特に静置培養において、非常に不安定であり、高品質のものを安定に生産することを難しくしています。 この酢酸発酵の不安定性には、様々な要因がからんでいますが、夏場のような高温下では、菌膜が形成されないために静置培養ができず、 またタンク培養でも多量の冷却水が必要となります。加えて、生産された酢酸によって菌が死滅する現象（酢酸耐性の喪失）や生産された酢酸を消費する現象（酢酸の過酸化）が頻繁に生じます。 これらの現象は、高度な発酵制御システムを持たない中小の地場企業が、地域に根ざした伝統的な食酢の製造を行うことを困難にしています。